Ao instalar algum aplicativo, seja próprio do Linux ou fazendo gambiarras com o wine, você já deve ter se deparado com algum tipo de erro ou por conta do arquivo não ter autorização de acesso ou por conta da pasta não dar autorização de acesso para gravações.
É para isso que o comando chmod serve, para dar autorizações de acesso à programas ou pastas.
Para você autorizar um arquivo basta abrir o terminal e digitar:
$ sudo chmod +x nomedoarquivo
E então para executá-lo (mesmo que um arquivo .exe) digite:
./nomedoarquivo
Para autorizar uma pasta (algumas vezes você precisará autorizar o arquivo e a pasta que irá recebê-lo...) digite:
$ sudo chmod 777 caminhoatéapasta
No caso do arquivo, você pode ao invés de dar um comando no terminal, clicar com o botão direito no arquivo em questão, clicar em propriedades e ir até a aba "Permissões" e selecionar a opção "Permitir execução do arquivo como um programa". Mas no caso da pasta não tem ressalva.
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